克罗恩病与肠结核相鉴别的方法如下：如果是克罗恩病，我们要给克罗恩病的治疗，一定会上到比较重的免疫抑制剂，比如激素生物制剂，那么这些药物，在使用了以后，机体免疫力会下降，如果这个病人你误诊了，他本身就是个结核，用上药以后，结核就会加重复发。所以针对诊断不是那么清楚的患者，如果结核方面有一定的权重，我们就可以先诊断性的抗结核治疗，一到三个月左右复查肠镜。如果是结核，那么患者的溃疡就会形成瘢痕的情况，这样我们就比较清晰这个病人是一个肠结核。