第一，小肠恶性淋巴瘤：原发性小肠恶性淋巴瘤可较长时间内局限在小肠，与 CD 鉴别较难。可采用双气囊小肠镜下活检或必要时手术探查可获病理确诊。肠道淋巴瘤与克罗恩病之间的鉴别诊断，在临床上容易误诊，且治疗上与克罗恩病相悖，一旦误诊误治，不但延误治疗时机，还会使病情加重，产生无法挽回的严重后果。第二，急性阑尾炎：腹泻少见，常有转移性右下腹痛，压痛限于麦氏点，血常规检查白细胞计数增高更为显著。其中尤其要强调的是肠结核、第三，溃疡性结肠炎：里急后重感明显，常有血便，少有腹部肿块、肛周病变及瘘管形成。但是部分病例鉴别困难，需要借助影像学和血清学检查进行鉴别。第四，其他：如血吸虫病、阿米巴肠炎、其他感染性肠炎、贝赫切特病、嗜酸性粒细胞性肠炎、缺血性肠炎以及各种原因引起的肠梗阻，如有必要，医生均可能考虑。