多数肠结核患者有结核中毒症状；而克罗恩病患者多有口腔溃疡、肛周病变、关节痛等肠外表现。内镜下肠结核的特点是环形的溃疡，溃疡周围黏膜呈鼠咬状；而克罗恩病的特征表现为纵型溃疡、黏膜铺路石样的改变。肠结核比克罗恩病的回盲瓣更容易受累，大肠结核受累的回盲瓣变形，开口多固定；而克罗恩病受累的回盲瓣常变形，开口多闭塞。超声内镜下肠结核的黏膜下层因为瘢痕形成而变薄，而克罗恩病的黏膜下层则是明显的增厚。鉴别的关键是组织病理学，肠结核的典型病理特征是干酪样的肉芽肿或者能够找到抗酸杆菌；而克罗恩病的典型的病理特征是非干酪性的肉芽肿、裂隙性的溃疡、全闭严，但是内镜活检组织、病理学检查的阳性率非常低，因此两者鉴别比较困难。另外，PPD阳性，还有T-SPOT的阳性以及胸片可见结核病灶对支持肠结核都有一定的诊断意义。