克罗恩病得肛瘘的治疗方法如下：1、对于单纯性肛瘘的患者，肛瘘已经是他的一个高危的因素，一是给他降阶梯治疗，使用生物制剂让它不会进一步的发展。2、对复杂性的肛瘘，同样也是要降阶梯治疗，首先要给予重拳出击，把生物制剂打上。那么在打以前，需要和多学科团队的普外科的、普外肛肠科的老师来合诊，看需不需要肛瘘挂线治疗，需不需要做复杂的瘘管的切除，如果患者有肛周脓肿，一定要切开引流，在这些事情完成了以后，才能给病人用上生物制剂。