新型冠状病毒的病毒类群都为蝙蝠中的冠状病毒HKU9-1，而许多与冠状病毒有联系的人类感染冠状病毒都和蝙蝠有关，许多冠状病毒天然宿主都是蝙蝠，蝙蝠很有可能就是武汉新型冠状病毒的原生宿主，经过演化变异，完成了蝙蝠-中间宿主到人的传播。不过从蝙蝠到人可能还存在更多的中间宿主，目前还没有确认。冠状病毒由动物到人、人与人的传播路径为接触传播和飞沫传播。