手术治疗克罗恩病主要是针对克罗恩的并发症。例如它可以穿透肠壁到达腹腔，导致肠穿孔并且引发腹膜炎，在这种情况下是需要手术介入的。其次克罗恩疾病发展的过程当中由于炎症长期的刺激，会导致肠管狭窄进一步发生肠梗阻，也需要手术介入来治疗。还有克罗恩疾病可以侵犯到肛门周围，诱发肛门周围脓肿也需要通过手术来介入。