克罗恩病有复发倾向，即使手术后复发率仍高。因此，在大多数情况下，克罗恩病都以内科治疗为主，只是在以下几种情况才考虑手术治疗：1、内科积极治疗数月无效的难治性患者如果病人对药物治疗没有反应，或者出现了并发症，或者是无法耐受药物治疗，均应该考虑手术。使用激素的病人，如果出现了激素的副作用，无论疾病严重程度，均需更换为别的药物。如果不能耐受其他药物，或者病变范围局限，必须考虑手术。；2、具有严重并发症，包括肠道狭窄所致肠梗阻、肠穿孔、瘘道、消化性慢性失血或大出血（内科保守治疗无效时）、中毒性巨结肠、腹腔内感染并有脓肿形成或癌变等；3、营养不良经内科治疗无效，尤其是青少年患者发生生长发育停滞时最为需要注意。