克罗恩病会影响的脏器如下：1、克罗恩病属于炎症性的肠病，所以影响的脏器主要是以消化科的胃肠道为主，它可以累及从口腔到肛门的全部的胃肠道，出现结段性的改变。2、它有一些肠外的表现，会有影响巩膜葡萄膜。3、影响到肝脏，发生脂肪肝，发生自身免疫性肝病。4、影响到皮肤系统，出现结节性红斑脓皮病。5、合并肺上的感染，对肺部有一些影响，对于长期的使用免疫制剂的病人，可能出现肺结核。