克罗恩疾病的临床表现主要根据它的病位来区分的：由于克罗恩疾病导致口腔溃疡出现，那么回盲部可以集中表现为腹痛、腹泻或者是粘液、大便当中会发现有大量的脓血粘液便。其次在体检的时候触及腹部的包块是由炎症刺激增生所导致。同时在消化道的最末端也可以出现克罗恩特殊的表现，比如：肛门局部出现肛瘘，其次克罗恩病在肠外也有一些表现比如：皮肤环形的红斑或者全身的发热、营养不良。