1、炎症，炎症可能局限于肠壁，导致肠壁瘢痕化、肠腔狭窄（硬化），也可以穿透肠壁，形成肠瘘。肠梗阻克罗恩病影响肠壁的厚度。随着时间推移，部分肠管增厚，变窄，导致消化道阻塞，消化的食物不能通过。可能需要手术切除病变肠管。2、溃疡，慢性炎症可以导致消化道任何部位出现溃疡，包括口腔、肛门，以及会阴部。3、瘘管，有些溃疡深达肌层，继而可以穿透肠壁，产生瘘管，即不同器官之间异常的联通。4、肛裂，这是肛门或者肛周皮肤出现的小裂痕，可能合并感染。常引起排便疼痛，可能导致肛瘘的出现。5、营养不良，腹泻、腹痛、胃痛等症状可能影响食欲、营养吸收困难，导致营养不良的发生。由于缺铁或者缺乏维生素B12导致贫血较为常见。6、其他健康问题，克罗恩病可能导致身体的其他部位出现问题，包括贫血、骨质疏松、胆囊和肝脏病变。