卵巢囊肿用药根据不同的类型来决定：1、子宫内膜异位形成的卵巢囊肿，往往要通过抑制体内的性激素的药物，；2、生理性种囊肿，不需要用特殊的药或者可以吃一些中药，可能会通过活血化瘀的中药促进它吸收；3、包裹性积液形成的卵巢囊肿，如果伴有明显的腹痛的时候，可能用一定时间的抗菌素，但是不宜长期使用。