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新生儿破伤风的病因是破伤风杆菌侵入新生儿脐部生长繁殖产生痉挛毒素，导致出现牙关紧闭及全身肌肉强直性痉挛。破伤风杆菌属于革兰阳性厌氧菌，普遍存在于土壤、尘埃及粪便中，破伤风杆菌芽孢能在外界环境下长期存活，且普通消毒剂无效。若断脐或包扎器械受到破伤风杆菌污染时，破伤风杆菌进入脐部，而包扎营造的缺氧环境则更有易于其存活及繁殖。破伤风杆菌产生的痉挛毒素沿神经束扩散到中枢神经系统，与神经节苷脂结合以封闭抑制性神经元，导致肌肉强烈收缩。破伤风杆菌产生的痉挛毒素还抑制神经-肌肉接头处的神经突触传递，导致乙酰胆碱聚集以不断发放冲动，引起持续性肌肉痉挛，发生牙关紧闭。破伤风杆菌产生的痉挛毒素还能使交感神经兴奋，出现心动过速、血压升高等表现。