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腺病毒疫苗的副作用主要包括局部副作用，胃肠道副作用、全身性副作用，少数人还会出现过敏反应等。腺病毒载体通过将新冠病毒S蛋白基因整合到腺病毒基因组中，然后运载进入细胞内，产生的S蛋白刺激机体产生特异性免疫反应，留下免疫记忆。注射针对注射局部皮肤造成一定损伤，产生红肿、疼痛、硬结等局部副作用；由于需要对疫苗中的有害部分产生免疫反应，机体可能出现恶性、呕吐、食欲不振等胃肠道副作用以及发热、乏力、头晕头疼等全身性副作用。少数人会出现强烈的过敏反应，表现为呼吸困难、过敏性休克等。一旦接种者出现严重副反应，需要医护人员及时抢救。