拆迁时一般都会有面积计算方法。

依我看，由于你家加盖的一层是在上半年发生的，所以会可能导致第二层不计算建筑面积（一般情况下拆迁时会划定一个时间段来计算房屋的建筑面积），建筑面积只可能按一层房屋的外围尺寸来计算，再乘以一个拆迁补偿系数。

这还要看当地的房屋拆迁政策具体怎么来定。