部分手足口病病人只有咽峡部疱疹，在临床上很难区分的。

但一般来说手足口病表现为口腔溃疡与咽峡炎很易区别的，因为疱疹性咽峡炎只有咽峡部疱疹，口腔极少有疱疹的。

疱疹性咽峡炎为病毒性感染，可应用利巴韦林、清热解毒中药治疗，如疱疹已经破溃，可应用抗生素。