个人感觉，如果您的公司是在集团里就应该用规范的检查表格。

如果您就是公司检查的负责人，可以把要检查的项目分类，比如：消防安全、治安安全、用电安全、安全生产等。

其中涉及的内容可以包括：组织机构建设情况、责任制分工和落实情况、安全培训和安全检查是否有记录，是否按频次进行等，还有就是现场安全情况。

个人感觉对于您所说的方法一不太适用，主要是各部门不会把自己的问题真是的讲出来让您查的，方法二显得不是很系统，所以分类最好。

个人意见，仅供参考，希望可以帮到你，呵呵：）。