燕王靖难，破南京城，朱允文下令纵火焚毁皇宫，朱棣杀入宫中，搜寻了三天，始终没有找到朱允炆。

追问内侍，他们也不知朱允炆是死是活，只知他下令纵火后就不见了踪影。

马皇后和大多数妃子、内侍都被烧死，内侍们怕朱棣不信，找了一具残骸说成是建文帝的尸骨。

朱棣命人从灰烬拨出残骸，已是满身焦烂，四肢不全，分不清男女，只得下令以天子礼殓葬。

关于建文帝的生死，有一种说法是；建文帝下令纵火后，自己与少数随从从地道中逃出，乘船潜往云南，削去头发，改换僧装，自号应文，浪迹天涯。

朱棣闻讯后，一直怀疑建文帝仍活在世上，可能存亡海外，将成后患，便命太监郑和率庞大的船队下西洋寻找，同时借以宣扬国威，交通各国，结果仍然未找到他的踪迹。