《仙剑奇侠传二》的故事发生在《仙剑奇侠传一》结束后的八年。剧情紧接一代，围绕王小虎、沈欺霜、苏媚、李忆如四位角色展开，讲述了一段错综复杂的情感和恩怨纠葛。

游戏开场于杭州，王小虎是一名14岁的少年，已拜入名捕盛尊武门下。在一次事件中，王小虎帮助了喻南松，一位遭遇灭门之灾的幸存者，决定帮助他前往蜀山仙剑派寻求帮助。在接下来的冒险中，王小虎结识了沈欺霜（七七），一位因家族重男轻女而被忽视的女孩，两人因相似的身世产生了深厚的羁绊。游戏还引入了御灵、虎煞、阵术、养蛊、喂毒等多种战斗和养成系统，战斗采用45度视角斜向以及全动态同步回合制的攻防方式。

随着故事的发展，王小虎和沈欺霜遇到了苏媚和李忆如，四人一同面对了多种挑战，包括锁妖塔崩塌导致的妖魔横行、魔尊的复活等危机。在战斗和探索中，玩家的选择会影响剧情的发展。最终，王小虎和沈欺霜表明心意，并决定一起闯荡江湖。游戏结尾，一只黄色的小狐狸在两人身后注视着他们，暗示了苏媚的存在。至此，《仙剑奇侠传二》的主线剧情结束。