电视剧《兄弟门》的剧情主要围绕清末民初时期，从小分离的三兄弟在上海滩重聚后的故事展开。大哥荣达彪是一名铁骨铮铮的抗日将士，二哥金山已是上海滩的大亨，小弟华小文则留学归来，书生意气甚浓。三兄弟在因缘际会下重聚，共同踏上了寻亲复仇之路。然而，他们最终因为不同的理想而同室操戈。金山为了利益，不惜牺牲手足之情，最终导致了大哥荣达彪的惨死。华小文对旧中国政府和法律的幻想破灭，决定亲手拿起复仇的枪。

剧情中还涉及了多个复杂的情节，如金山被误认为是汉奸通风报信、荣达彪执行锄奸计划、何爷抓了华小文威胁金山、金山认贼作父、金山救出荣团长等人却被误会成出卖他们等。此外，剧中还展现了金山与女扮男装的杂耍小丑齐小童之间的故事，以及金山在法国总会与新昌国军荣达彪和周副官的秘密会面等情节。