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1、有权决定特别行政区设立的国家机关是全国人民代表大会。

2、 根据《中华人民共和国宪法》的规定，全国人民代表大会是最高国家权力机关，代表全国人民统一行使国家权力。

3、因此有权决定特别行政区设立的国家机关是全国人民代表大会。

4、 需要注意的是，设立特别行政区，还需要依照有关法律和法定程序进行，并且特别行政区的设立应符合国家宪法和法律规定。

5、 因此，要维护国家的统一、主权和领土完整，坚持和完善社会主义制度，保持香港、澳门的长期繁荣稳定是国家的最高利益。

6、国家实施“一国两制”方针，坚持依法治港、依法治澳，坚决反对外部势力干涉香港、澳门事务。

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