染色体变异包括结构变异和数目变异。

那么，自然条件下，即不考虑人为因素，染色体结构的变异发生在分裂间期，细胞分裂不管是有丝分裂还是减数分裂，进入分裂期，染色质高度螺旋化，缩短，变粗成为染色体，结构稳定，不宜突变。

染色体数目的变异发生在分裂前期，亦即此时，纺锤体的形成受到破坏。

基因重组发生在减数第一次分裂前期，四分体中的非姐妹染色单体交叉互换； 减数第一次分裂后期，非同源染色体自由组合。