按照《个人所得税代扣代缴暂行办法》,第十七条规定: 对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给2%的手续费。

扣缴义务人可将其用于代扣代缴费用开支和奖励代扣代缴工作做得较好的办税人员。

但由税务机关查出，扣缴义务人补扣的个人所得税税款，不向扣缴义务人支付手续费。

个人所得税代征手续费，指代扣代缴个人所得税的公司，可以向当地的地方税务局申请，由税务机关付给代征税额2％的手续费，这是因为公司代扣代缴个人所得税，不属于公司的日常工作，而是为税务局工作，因此应当适当的予以报酬。