首先申明我本人不是微电子所的，但我有同学曾经保送微电子所的研究生，据我所知。

微电子所是中科院系统中微电子方面最好的研究所，实力很强，师资和设备也都很好。

最重要的是一般中科院系统给研究生的待遇都要比高校高出许多，就全国范围来看，微电子领域最出名的就算中科院和复旦了（这是成都电子科大的一个老师这样认为的）。

但中科院从事微电子方面的研究所很多，力量相对分散，半导体所、微系统所等都从事微电子方面的研究。

而且一般中科院的研究生都是要求读博士的，复旦大学的微电子出名很早，社会影响较大。

同时又有全国唯一的集成电路设计方面的国家重点实验室，不过研究生的待遇相对中科院来说就低很多，现在一般也就一个月几百块钱。

所以中科院微电子所和复旦是各有利弊，就看楼主的选择了，不推荐中科院系统中除了微电子所以外的其他从事微电子研究的研究院所。