花千骨的结局是经历重重困难和牺牲后，最终和白子画幸福地生活在一起。在长留一战中，奄奄一息的花千骨被竹染救活，但随后失忆，智商犹如两三岁的孩子。白子画决定放弃长留，全心全意陪伴在花千骨身边。两人一起坐在木筏上赏月，花千骨醒来后，忘记了一切经历，与白子画一边欣赏夜色一边欢笑。师徒二人历经重重坎坷，终于成为一对神仙眷侣，远离尘世。

此外，电视剧版本的大结局是白子画误杀花千骨后，杀阡陌带着花千骨的魂魄助其转世。30年后，白子画找到转世后的花千骨，两人结为夫妻。这一版本与原著小说和电视剧番外篇的结局有所不同，提供了一个全新的故事延续。