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亚马逊河的源头是在安地斯山脉区中一个海拔5,597米的密斯米雪山的一条小溪，距离的的喀喀湖约160千米，距利马约700千米，密斯米雪山作为源头是在1971年第一次认定，后来更精确的源头位置又在1996年、2000年和2007年被多次重新确定。溪水先流入劳里喀恰湖，再进入阿普里马克河，阿普里马克河汇入乌卡亚利河，乌卡亚利河再与马拉尼翁河汇合成亚马逊河主干流。

从马拉尼翁河的支流瓦利亚加河以下，河流就从安第斯山区进入冲积平原，从这里到秘鲁和巴西交界的雅瓦里河，大约有2400千米的距离，河岸低矮，两岸森林经常被水淹没，只是偶尔有几个小山包，亚马逊河已经进入了亚马逊热带雨林中了。

由于亚马逊河的流量巨大，所以距河口150千米内的海水都不咸，海水含盐量相当低，主河道有5到12千米宽，从河口向内河有3,700千米的航道，海船可以直接到达秘鲁的伊基托斯，小一点的船可以继续航行780千米到达阿库阿尔角，再小的船还可以继续上行。

亚马逊河从北纬5度伸展到南纬20度，源头在安第斯山高原中，离太平洋只有很短的距离，经过秘鲁和巴西在赤道附近进入大西洋。