病理报告切缘阳性的患者的治疗如下：1、对于这样的患者，如果身体条件允许或者部位比较容易处理的，比如一些胃前臂、胃大弯侧胃间质瘤，要积极的进行第二次的手术，保证患者的疗效；2、如果患者的身体状况差或胃肠间质瘤位于一些特殊的部位，比如胃食管结合部、十二指肠、直肠，那么可以把它视为高度恶性的胃肠间质瘤，进行靶向药物治疗，在靶向药物治疗期间密切观测病情的变化，因为对于一些特殊部位的胃肠间质瘤来说，手术可能导致患者重要脏器和多功能的丧失，比如直肠的胃肠间质瘤，可能需要切除肛门，进行乙状结肠造瘘，这样会给患者的工作和生活以及心理带来很严重的负担和心理创伤，要尽量避免，在口服靶向药物治疗期间密切观察病情的进展就可以了。