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功能性消化不良目前尚无特效药，以缓解症状为主的针对性治疗。常用的药物有根除幽门螺杆菌药物、抑酸药、促胃肠动力药和抗抑郁药等。根除幽门螺杆菌治疗：奥美拉唑、铋剂加两种抗生素如阿莫西林、甲硝唑，是目前临床常用四联根除幽门螺杆菌的药物。对幽门螺杆菌阳性患者根除治疗是治疗感染性功能性消化不良最有效的治疗方法。抑酸药：质子泵抑制剂如奥美拉唑和选择H2受体拮抗剂如法莫替丁。适用于非进餐相关的消化不良，以上腹痛、烧灼感为主要症状者。促胃肠动力药：常用药有多潘立酮、莫沙必利，可改善与进餐相关的上腹部症状，均在餐前15～30分钟服用，疗程2～8周。以上腹饱胀、早饱、嗳气为主要症状患者，常作为优先选用。抗抑郁药：作为二线治疗药物，常用的有三环类如阿米替林、5-羟色胺再摄取抑制药如氟西汀等。患者应在医生指导下根据症状用药，不可盲目自行用药。